Структуру ЧУ ДПО «Медицинская школа ЕМС» составляют администрация, профессорско-преподавательский состав (педагогические работники), менеджеры.
Органами управления ЧУ ДПО «Медицинская школа ЕМС» являются:
Компетенция органов управления определяется Уставом ЧУ ДПО «Медицинская школа ЕМС».